肝上有小囊肿一般不需要特殊处理，只需要定期的进行检查，随访便可。肝囊肿的治疗应该视肝囊肿的大小、性质、有无并发症而定。

一般直径五公分并且出现压迫症状的，可以在超声引导下穿刺抽液，以缓解压迫症状，此法操作简单，而且不需要剖腹，对不能耐受手术的巨大肝囊肿患者是一种很好的治疗方法。如果患者的肝囊肿出现感染时，宜尽快的行外引流术，当有并发症出现，比如囊肿破裂、囊蒂扭转、囊内出血或者囊肿巨大压迫邻近器官的时候，需要外科手术治疗。手术治疗方面应该尽可能的完全切除囊肿，如果不能，则做次全切除或至少切除1/3的囊壁，使囊液引流入腹腔。