对于结膜炎患者，特别是急性结膜炎，主要是局部药物治疗，针对不同性质的炎症，选用不同的药物。属于细菌感染者，选用敏感的抗生素眼药水，比如左氧氟沙星滴眼液、氧氟沙星滴眼液、加替沙星滴眼液等。细菌感染者，因结膜囊分泌物多，睡前使用抗生素眼膏可防止粘连。

另外病毒性结膜炎常用的眼药水有阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液等，也可以选用眼膏，阿昔洛韦眼膏、更昔洛韦眼膏等。对于急性结膜炎要注意频繁的局部点药，点到结膜囊内，让眼药充分吸收，发挥最大作用。另外晚上使用眼膏，保持它的药效持续性，另外注意隔离。