肛门彩超的收费一般是在100元左右。就目前国内三甲医院的收费标准，是按部位收费的，比如肛门外周，会阴部的皮下出现病变，像脓肿或结节，进行彩超检查时要用浅表探头，彩超的收费一般是每个部位60元，因为属于浅表器官的病变。

如果病变的部位在肛门里或者直肠，浅表探头观察不清楚，就要用到腔内彩超进行检查，腔内彩超检查能够观察到肛门里边是否有结节，是否有血管的扩张，检查属于腔内的，一般收费在110元左右。