大部分的肝囊肿通过口服药物是没有效果的，比如先天性的、炎症性的、创伤性的以及肿瘤性的肝囊肿。但是对于部分的肝囊肿口服药物有可能达到一定的治疗效果，比如肝寄生虫病所造成的囊肿，常见的是肝棘球蚴病，常用的药物可以服用阿苯达唑。这些药物比较容易吸收，囊内的浓度可以达到血浆的水平，用药6-24个月后，约30%的囊壁消失，30%-50%的囊肿变小，但是也有部分的患者与治疗前是没有明显变化的。

对于该囊肿或先天性的肝囊肿等，其他常见的囊肿口服药物是一种治疗的方式，还可以经过局部的穿刺抽液和药物局部注射应用。常见的有25%的酒精或无水酒精进行烧灼囊壁，也可以达到比较好的治疗效果。

如果临床上比较出现了压迫的症状或囊内的感染、出血，还需要通过手术进行治疗。不同的手术方式，也是根据具体的疾病而决定的，比如对于先天性的肝囊肿，主要是采用腹腔镜下肝囊肿开窗引流，可以达到比较好的效果。而对于寄生虫性的肝囊肿，包括传统的内囊摘除术以及肝部分切除或肝叶切除术等。