两侧基底节区腔隙性脑梗塞患者的治疗，主要包括口服阿司匹林抗血小板聚集。如果患者对阿司匹林不能耐受，也可以选用氯吡格雷，同时可给予改善血液循环，常用的药物包括舒血宁、维脑路通、川芎嗪，也可以应用疏血通，积极给予神经保护治疗，常用的药物包括依达拉奉、胞二磷胆碱、脑蛋白水解物、奥拉西坦、吡拉西坦，也可以应用长春西汀。

如果患者躯体症状和体征较重时，也可应用丁苯酞，以改善神经功能缺损的症状和体征，一般情况下不需要进行降颅压治疗。同时要给予控制病因，引起腔隙性脑梗塞常见的病因包括高血压和糖尿病。

高血压的患者可以口服左旋氨氯地平、苯磺酸氨氯地平、厄贝沙坦降血压治疗；高血糖的患者一般首选二甲双胍口服。如果患者血糖控制欠佳时，也可以皮下注射胰岛素进行降糖治疗。