小儿脑萎缩的治疗方法主要有去除病因、认知障碍治疗、行为障碍治疗等。小儿脑萎缩是脑组织器质性病变的终末表现，确诊后要积极遵医嘱治疗。
1、去除病因：小儿脑萎缩可由多种疾病引起，例如脑缺氧、外伤、出血、感染、代谢异常、脑白质病、药物及放射线损伤等，要先针对原发病进行吸氧、清创、止血等处理；
2、认知障碍治疗：主要有作业疗法、电脑辅助和虚拟认知康复、电磁刺激等。一般医生会根据小儿情况制定合理的治疗方案，提高小儿认知功能，同时也会辅助认知功能训练，如记忆训练、注意训练、思维训练等，尽可能帮助小儿提高智力；
3、行为障碍治疗：治疗目的主要是设法消除小儿不正常的行为，帮助小儿回归正常生活。
小儿脑萎缩并没有特效药物治疗。
此外，家长也要注意对小儿的心理照顾、生活管理、饮食管理等，要多给小儿关爱，日常要保证小儿作息规律，有充足睡眠，不要固定相同的姿势太久，应该经常变换活动方式。饮食方面不宜吃过度加工的食物，比如零食、腌肉等。
如果小儿脑萎缩能早期发现、早期进行积极治疗等，可使部分小儿功能达到临床治愈的标准，也能缩短小儿康复期，阻止病情持续进展。