多发腔隙性脑梗死的患者，如果有突发的神经功能缺损症状是需要住院治疗的，考虑病人又新发的脑梗死，急性期要给予病人抗血小板聚集、抗凝、降纤以及配合活血化瘀、清除氧自由基、脑保护的治疗。经过急性期的治疗，如果病人留有后遗症，还可以进行后续的康复治疗。

对于多发腔隙性脑梗死，考虑病人的动脉硬化比较重，多伴有高血压、高血糖以及高同型半胱氨酸等危险因素。经过住院治疗，可以在医师的指导下对危险因素进行控制。对于血压建议病人控制在130/85mmHg以下，如果病人有糖尿病，要积极的控制空腹以及餐后的血糖，必要时还可以口服叶酸以及维生素，降低血清同型半胱氨酸预防脑梗再发，反复的发生腔隙性脑梗死病人可以出现腔隙状态等。