持续性房颤最常见、最严重的并发症就是脏器的栓塞，最主要的严重并发症是脑栓塞，由于严重的脑梗死，很多患者可能会出现偏瘫甚至死亡，其他脏器也可能出现栓塞，比如肠系膜动脉栓塞和下肢动脉的血栓形成等，对于房颤的患者主要还是应用抗凝的药物来预防并发症。

发生率第二的并发症是心衰，由于持续性的房颤，心率偏快而且心脏的收缩力会降低，从而引起患者的心衰症状。长期的房颤会导致呼吸困难、活动耐量下降，所以对于房颤主要是及时对症处理，应用华法林、利伐沙班等来抗凝以及应用倍他乐克，或者地高辛等药物控制心率，必要的时候选择射频消融手术根治房颤。