三个月的宝宝出现腹泻，大便内有奶瓣，主要考虑为消化不良。其主要治疗方法为：

1、该时期的婴儿胃肠道消化功能尚未完善，消化液分泌相对不足，先继续母乳喂养，尽量减少喂水，水进入胃内可稀释消化液，从而加重消化不良，可以使用胃蛋白酶、小儿鸡内金散，帮助消化，注意宝宝的腹部保暖。

2、婴儿的免疫功能较差，肠道内的菌群会受到饮食、环境、自身调节的影响，出现肠道菌群失调，需要给予调整肠道菌群药物，如双歧杆菌、乳酸杆菌。

3、母乳喂养的婴儿，在母亲方面需要清淡饮食，油腻的饮食可导致乳汁中的脂肪含量增加，从而加重消化不良。