针对于两个月婴儿患有肠炎的情况，可以采用下面的措施来处理：

首先，给儿童服用益生菌，可以给儿童服用小培菲康、妈咪爱、金双歧等益生菌，从而调整儿童的肠道菌群紊乱，缓解由于菌群紊乱引起的肠炎症状；

其次，是给儿童服用蒙脱石散，如果儿童的肠炎表现为大便次数增多，性状比较稀，可以应用蒙脱石散来起到吸附水分、改变大便性状的作用；

最后，是给儿童及时的应用头孢菌素，因为绝大多数婴儿的肠炎是由于各种病原菌感染引起的，如果是由于大肠杆菌等细菌性感染引起的，就要及时的应用头孢菌素来抗感染。