如果新生儿患有肠炎，需要采用下面的措施进行处理：

1、进行对症的支持治疗，患有肠炎以后会引起大便次数增多、大便量明显增多，在这种情况下往往会引起脱水以及电解质的紊乱，所以在患有肠炎以后需要及时应用口服补液盐，从而预防和纠正脱水及电解质紊乱的情况；

2、针对引起肠炎的病因进行处理，如果肠炎是由于细菌性感染导致的，家长或者医生就要及时给新生儿用头孢菌素进行抗感染治疗。如果是由于牛奶蛋白过敏引起的过敏性肠炎，这种情况下就要及时换用水解蛋白奶粉或者氨基酸奶粉。如果肠炎是由于大量应用抗生素引起的真菌性肠炎，就要及时应用抗真菌的药物进行处理。