脑血栓后遗症的用药以二级预防为主，脑血栓后遗症是指治疗经过6个月以上，仍然留有神经系统功能缺失症状的脑血栓。无论用任何治疗的药物患者症状都无法再有好转，所以仅以对症治疗和二级预防为主。二级预防用药包括使用阿司匹林或者氯吡格雷抗血小板聚集处理，无胃部疾患或者胃部不适的患者可以使用阿司匹林，胃部不适不能耐受阿司匹林，考虑使用氯吡格雷。

动脉粥样硬化斑块形成或者血管狭窄的患者，同时使用阿托伐他汀或瑞舒伐他汀，高血压、糖尿病、高脂血症的患者要使用降压药、降糖药、降脂药。如果患者脑血栓后遗症导致肢体僵硬、活动困难，可以服用巴氯芬或者替扎尼定降低肌肉张力。