慢性肾盂肾炎最严重的并发症就是尿毒症。慢性肾盂肾炎有些是由于急性肾盂肾炎治疗不及时转化而来，而多数情况下是由于存在复杂性尿路因素，比如有肾结石、肾盂输尿管连接处狭窄以及输尿管返流等这些疾病，就会导致肾盂的慢性损伤，最后发展成为慢性肾盂肾炎。

慢性肾盂肾炎一旦得上无法治愈，肾脏疾病会逐渐的发展，最后发展成为慢性肾功能衰竭，直至尿毒症。一旦进入尿毒症期，患者很可能因为高钾血症，严重的心力衰竭而导致患者死亡。因此，慢性肾盂肾炎最严重的并发症就是尿毒症。当进入尿毒症期以后，就需要给予长期血液透析治疗或者给予肾移植术，这样对于毒素的清除相对来说比较充分。