甲亢患者眼睛疼，要到正规的医院确诊，患者是否患有甲状腺相关性眼病。如果确诊患者患有甲状腺相关性眼病，就要给予药物或者放射或者手术治疗。甲状腺相关性眼病，有眼睑挛缩、上睑迟落、复视、眼球运动障碍，结膜水肿、充血，角膜溃疡、眼睛干涩、畏光等症状。

确诊之后使用的治疗方法，也根据患者的病情来定。药物治疗方面，包括糖皮质激素、免疫抑制剂等。手术治疗方面，主要是维持视神经功能和保护角膜不暴露。