双肾多发结石处理办法如下：

1、如果结石体积小于2cm，且肾脏没有积水，则建议行体外冲击波碎石。首先选择容易排石的一侧或者结石体积小的一侧，进行体外冲击波碎石，等待一侧结石排干净后，再处理对侧肾脏的结石。

2、如果双肾多发结石合并有肾脏积水，对肾功能已经造成一定损害，则建议手术治疗，可选择输尿管软镜下钬激光碎石，或者选择经皮肾镜钬激光碎石治疗。建议选择积水相对较多的一侧，容易穿刺，或者选择结石较小的一侧。等处理完一侧结石后，择期再行手术处理对侧肾脏的结石。

3、如果双肾结石合并有输尿管结石，则建议首先处理输尿管结石，择期再处理肾脏结石。

4、手术或者体外震波碎石后，需要定期复查B超或者CT了解排石情况，建议直至结石排干净后再停止复查，避免结石排入输尿管造成梗阻，导致肾脏积水，而进一步损害肾功能。