支原体肺炎治疗首选大环内酯类抗生素，肺炎支原体对大环内酯类抗生素比较敏感，目前治疗支原体肺炎还是首选大环内酯类。首选阿奇霉素，可用口服给药，每天一次非常方便。阿奇霉素的副作用，主要是胃肠道反应，如恶心、腹痛等，肝损害症状比较少见。还可以用经典的大环内酯类药罗红霉素，其胃肠反应较阿奇霉素明显。

支原体肺炎也可以用四环素类药，如多西环素、米诺环素，这类药的最大副作用是影响牙齿和骨骼的正常发育。因此，8岁以内的小孩及孕妇禁止使用，支原体肺炎还可以用喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星、莫西沙星，因喹诺酮类抗生素影响软骨的发育，所以禁用于18岁以下未成年人及孕妇。