巧克力囊肿消失，在临床上往往是不太可能的事情，因为巧克力囊肿如果临床没有手术治疗的情况下，基本上不会消失，如果是经过检查已经消失了，有可能原来的诊断存在问题，可能不是巧克力囊肿，而是生理性囊肿，所以在临床上才通过B超检查囊肿会消失。

在女性排卵之后，卵巢局部会形成黄体，由于形成黄体之后，期间会有少量的出血，压力增大，就会出现黄体囊肿的情况。黄体囊肿常常在临床上不会超过五公分，而且在临床上也不会引起相应的症状，在月经干净以后往往会缩小或者是消失。