肩膀后背、腰疼可以由以下几种原因引起：

1、类风湿，类风湿可以累及整个脊柱以及关节，导致肩膀后背以及腰的疼痛，可以有晨僵，可以伴有全身其他小关节疼痛、肿胀的症状。这时要早期的查体，检查脊柱的X线片、CT以及化验血来诊断；

2、强直性脊柱炎，强直性脊柱炎在严重的阶段可以累及整个脊柱以及骶髂关节、肩部的大关节，这时可以导致肩膀、后背以及腰部的疼痛，可以伴有晨僵以及骶髂关节、腰椎的疼痛，可以累及整个脊柱，出现僵硬。这时要检查血的化验，拍摄骶髂关节、腰椎、脊柱的X线片以及CT来诊断和治疗。