细菌性食物中毒又可分为胃肠型食物中毒和神经型食物中毒两类。在治疗方面，胃肠型食物中毒主要以积极的对症治疗为主，早期建议患者进行适当的卧床休息，初始情况下建议进食流食或半流食，随着病情的逐渐好转逐渐过渡到正常的饮食结构，在对症治疗方面可以选择口服补液盐溶液进行补液治疗。

此外，如果患者出现有恶心、呕吐、腹痛的症状，可以选择山莨菪碱、阿托品等进行对症的处置。当患者出现剧烈呕吐时，可以给予平衡盐溶液进行静脉输注，维持患者内环境的稳定，纠正酸碱失衡和离子紊乱。一旦患者出现休克表现时，应该进行积极的抗休克治疗。在针对病原菌治疗方面，一般不推荐抗生素的使用，但是如果患者出现明显的高热时，应该按照病原菌的不同进行抗生素的选择使用。神经型食物中毒又称为肉毒中毒，是由肉毒杆菌产生的外毒素所引起的临床症状。

除卧床休息外，应该尽早行催吐、洗胃以及灌肠治疗，常用的溶液多选择是5%的碳酸氢钠或者1:4000的高锰酸钾。同时给予患者适当的导泄治疗，目的在于减少肉毒杆菌外毒素再吸收，但是导泻药物的使用过程中应该避免镁剂的使用。因为神经型食物中毒往往会出现呼吸功能不稳定的状态，所以应该视患者的具体情况给予尽早的行气管切开或气管插管等操作，目的在于保持气道开放和维持稳定的循环功能，力争在24小时之内尽早地使用多价位抗毒素血清治疗。

其他的治疗方面还包括营养神经的治疗以及青霉素的使用等，其中青霉素的使用的目的在于消灭肠道内的肉毒杆菌，减少外毒素的产生。