溃疡性结肠炎是一种慢性疾病，经常反复发作，需要长期治疗，临床上一般采用氨基水杨酸类药物和免疫抑制剂。调节胃肠道的菌群平衡也非常重要，临床上常用的益生菌制剂有双歧杆菌三联活菌散、蜡样芽孢杆菌、酪酸梭菌活菌、酪酸梭菌肠球菌三联活菌片、乳酸杆菌片等。

这些益生菌到达肠道后能够黏附于肠粘膜，并且能阻止病原微生物在肠道的吸附，可抑制致病菌的定植或过度生长，因此常用于溃疡性结肠炎的治疗。