巧克力囊肿术后最常应用的药物是GnRh-a类的药物，或者是地诺孕素。

GnRH-a类的药物是皮下注射或者是肌肉应用；地诺孕素是口服的药物，每个月、每天都是要持续应用的，应用后会有少量的阴道出血，只要完善检查都可以继续应用。

为了降低巧克力囊肿术后的复发几率，其实在手术中也是最关键的，术中要尽量清除巧克力囊肿的病灶，并且尽量彻底分离由于病灶而引发的粘连，术后的用药才有可能会起到更充分的效果。