巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，在临床上绝大部分通过手术治疗，术后复发率相对比较高。在巧克力囊肿术后绝大部分需用注射用醋酸曲普瑞林治疗三个月或半年，主要是为了预防复发。

尽管是这样在临床上还是有复发性，绝大部分在停止用药后，大约一年左右会出现复发的情况，所以建议最好定期给予复查。并且建议如果是巧克力囊肿的病人，已婚者最好在术后置左炔诺孕酮宫内节育系统，可能会避免复发的可能性。因为左炔诺孕酮宫内节育系统可以使子宫内膜出现萎缩，这样异位症的病灶也会有萎缩的现象。