病毒疣比较容易根治，先要提高机体的免疫能力，需要口服脾氨肽冻干粉，或者是胸腺肽肠溶胶囊。如果效果不理想，还可以肌注卡介菌多糖注射液来进行调节。在外用药方面可以应用重组人干扰素α2b软膏一天四次涂沫，配合维A酸软膏每天晚上一次涂抹来治疗。

同时口服中药的效果也非常好，它可以通过调整人的体质，来减少病毒疣的发生以及复发。主要的方药组成是红花、赤芍、板蓝根、大青叶、木贼、香附煎水口服200ml，日两次。

对于上述治疗还可以配合冷冻，或者是电离子灼烧术，或者是二氧化碳灼烧术进行治疗，达到根治的目的。