马应龙痔疮膏治疗肛瘘，临床效果非常局限。因为一旦确诊肛瘘，对于肛瘘的治疗原则是及早选择手术切除或者肛瘘挂线疗法。对于肛瘘症状轻微，发病不频繁，偶尔有肛瘘局部炎症肿痛不适，可以用马应龙痔疮膏外涂肛瘘红肿的部位，具有一定的消肿止痛的作用，但是效果非常局限。

临床上对于肛瘘的治疗，保守的方法是可以用红霉素软膏、莫匹罗星软膏外涂或者口服新癀片、小败毒膏，都具有清热解毒的作用。但是保守治疗也仅仅缓解患者基本的症状，最终彻底解决肛瘘还是要选择手术。