肛瘘的手术部位是位于肛门，肛瘘是肛门周围皮肤和直肠的异常通道，在肛门周围有肛瘘的外口，而直肠内有肛瘘的内口，内口和外口之间有肛瘘瘘管相连，由于直肠内的压力高于外口，所以直肠内的污染物质会持续不断地从内口进入瘘管而引发瘘管的感染。

当瘘管内积脓时就会经外口流出，从而导致局部反复的肿痛以及流脓症状。因此肛瘘也并不能自愈，最终都需要通过手术治疗才能完全治愈，而手术时需要将瘘管以及内口完全切开使其重新愈合。