肛瘘在发病初期的时候流脓比较多，而且颜色发黄，比较黏稠，粪臭味比较重。随着病情的发展，脓液逐渐的减少，时有时无，稀淡如水。如果患者过于疲劳，则脓液会增多，可以有粪便流出。有的时候瘘管外口可以暂时性的封闭，但是不久病人又会出现发烧、局部肿痛。封闭的外口如果再度破溃，等到脓液流出以后，症状逐渐的消失。常见的临床症状：

1、瘙痒。脓液不断的刺激肛周皮肤，导致肛门潮湿、瘙痒。

2、疼痛。如果脓液积聚，引流不畅，就会出现肿胀疼痛。

3、流脓。脓液积聚到一定的程度，瘘口破溃，流出脓液。

4、排便不畅。肛瘘瘘口长期不愈，可以引起肛门直肠周围形成纤维化的瘢痕，引起大便排出困难。