肛周脓肿的治疗有非手术和手术治疗。非手术治疗，可以口服西药治疗，比如选用头孢类抗生素或者抗厌氧菌的甲硝唑和替硝唑等。如果是肛周结核性的脓肿，还应该配合抗结核药物治疗。也可以应用中成药治疗，比如仙方活命饮，多用于肛周脓肿的早期，可以促进脓肿的消肿。

如果在脓肿的中期，可以口服青蒿鳖甲汤合三妙丸，起到养阴清热，祛湿解毒的作用。如果脓肿的晚期可以口服二陈汤合百合固金汤，可以减轻肛周脓肿，使脓液吸收。肛周脓肿的治疗，如果通过药物治疗以后感染得不到控制，应当及时地行手术治疗，比如脓肿切开引流，这是控制感染的关键。