肛瘘微创手术和传统手术两者相比，如果可以用微创手术，肯定是微创手术要好一些。因为微创手术大部分是采用生物蛋白胶填塞，或者是肛瘘栓填塞的治疗方法，在肛门的外面一般创面比较小，疼痛感也比较轻，手术之后患者的感觉非常好。

但是在用微创手术之前要求条件比较高，一般是肛瘘没有急性感染，通常是在非急性期或者在抗生素治疗一段时间以后，瘘管处的炎症比较轻的情况下才可以使用。在使用之前一般需要将瘘管反复的清理干净，然后再用生物蛋白胶填塞，或者使用肛瘘栓填塞等方法，当然手术以后也有可能会复发。

传统治疗方法相对治疗比较彻底，通常是包括肛瘘切除术，肛瘘切开或者肛瘘挂线手术。手术以后在肛门周围会有伤口，一般患者疼痛感比较明显，而且伤口愈合可能时间比较长，有可能要2-3周，甚至有1个月左右的时间。