卵巢囊肿出现肚子痛由以下几种原因导致：

1、这种囊肿是由于子宫内膜异位症而导致的巧克力囊肿，子宫内膜异位症本身在临床上就会引起下腹部疼痛，会出现肚子疼痛的症状，建议及时给予手术进行治疗。

2、囊肿相对比较大，在腹部形成了比较大的张力也会导致局部出现疼痛。

3、囊肿可能会发生恶性变，会导致出现肚子疼痛。在发现有卵巢囊肿的同时可以抽血检查妇科肿瘤三项，主要是要排除是否有癌变的可能性，比如癌胚抗原或者癌肿抗原当中的一种出现了异常升高，临床上就有可能是恶性变。建议女性要及时做体检，如果发现有病理性的卵巢囊肿，建议及时做手术给予治疗。