慢性乙型肝炎大三阳，目前很难治愈。治疗的方法主要是抗病毒治疗，如果采用聚乙二醇干扰素α2a治疗，每周一次皮下注射，每次180μg，治疗48周停药随访24周时，有32%-36%的病人可以达到大三阳转化为小三阳，停药3年随访，有11%的病人可以达到表面抗原清除，达到乙肝治愈。

如果采用口服药治疗，如口服恩替卡韦或者是替诺福韦，治疗5-8年有31%的病人可以大三阳转化为小三阳，有13%的病人可以达到表面抗原清除，达到乙肝治愈。目前慢性乙型肝炎治疗目标，主要是最大限度地长期抑制乙肝病毒的复制，减轻肝细胞炎症坏死及肝纤维化，延缓或减少肝功能衰竭、肝硬化失代偿及肝癌的发生。