抗甲状腺的药物主要包括甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶，在一般情况下首选甲巯咪唑。甲巯咪唑或丙硫氧嘧啶都有一定的副作用，可以导致白细胞或者粒细胞的减少，导致肝功能损伤或者肝衰竭，导致皮肤过敏引起皮肤瘙痒、荨麻疹，这是三大类常见的不良反应。

此外，丙硫氧嘧啶还有可能导致一种严重的不良反应，叫血管炎。最常见的是白细胞减少或者粒细胞减少，这种药物的不良反应多发生于在前90天以内，也就是服药的前3个月以内发生的可能性最大。而且这种药物导致的粒细胞减少可能并没有太多前兆，可以突然发生。临床表现可以表现为咳嗽、咽痛、口腔溃疡、发热等，出现这种不良反应应该立即停药并就诊。如果长期服用抗甲状腺药物不复查，可能出现甲状腺功能控制不佳，或者出现甲状腺功能减退等不良反应。