临床上依据患者甲状腺多发囊肿的体积、大小不同，囊肿具体性质以及患者是否伴有明显的临床症状等因素，常可采取不同的处理方法：

一、如果患者甲状腺多发囊肿的体积相对较小，囊肿并没有压迫局部的神经血管或重要的脏器。通过彩超检查囊肿的边界清晰、回声均匀，没有明显的恶性肿瘤征象。可以建议患者定期复查甲状腺彩超，密切观察囊肿的变化情况，暂时不需要进行特殊处理。

二、如果甲状腺多发囊肿体积较大，压迫到患者的喉返神经、气管、食管，患者出现了不同程度的声音嘶哑、呼吸困难，通过彩超检查发现囊肿伴有纵横比大于1，且有明显的血流信号等恶性肿瘤征象。此时多发囊肿病情比较严重，建议患者及时行手术治疗。