如果皮脂腺囊肿发生感染，不可以进行手术，需先控制感染，如已形成脓肿，要切开引流，待炎症完全消退后再考虑手术治疗。因炎症时进行手术往往无法彻底清除，且易复发。

若皮脂腺囊肿较大，类似花生米样大小，需局部手术切除，且需将囊膜完整切除，不易复发。故如果怀疑皮脂腺囊肿发生恶变，应及早切除，经病理检查确诊，术后可辅助一定的局部放疗达到根治效果。