在结肠癌的治疗中，大体上对于化疗的药要用到三种：第一种药是奥沙利铂或者是草酸铂；第二种药物是氟尿嘧啶或者是氟尿嘧啶衍生物，如卡培他滨或者是希罗达；第三种药物是伊立替康，也叫CPT-11。

在结肠癌的治疗中涉及到另外两种靶向治疗药物，一个是抗血管生成的贝伐珠单抗；第二种药物是EGFR的单抗爱必妥。这两种靶向药和三种化疗药进行不同组合，在结直肠癌的治疗中发挥着重大的作用。常用方案有FOLFOX方案或FOLFIRI方案，还有三个药联合的FOLFOXIRI方案。对于晚期患者倾向于化疗联合靶向治疗，以达到更为理想的治疗效果。

近年来结肠癌的免疫治疗有重大进展，对结肠癌患者进行相关基因检查，包括微卫星不稳定的或者错配修复基因的检查，把结肠癌分成两种，第一种有缺陷性错配修复基因异常，第二个是高度微卫星不稳定。患者进行化疗效果有限，但是通过免疫治疗，如PD-1单抗，即检测点抑制剂治疗后，有很好的效果，可以有效延长患者的生存期，提高患者的反应率，能够提高治疗效果。同时部分Ⅱ期患者，如果有错配修复基因异常，用氟尿嘧啶类化疗药物效果差，免疫治疗成为这部分患者非常重要的治疗办法。