儿童脑干胶质瘤预后非常差，总的生存期仅仅在7-14个月之间。影响儿童脑干胶质瘤的因素主要包括病程时间长短，术前是否伴有脑神经麻痹，肿瘤的性质、生长特点、组织学类型等。

外科放射治疗是目前常用的控制儿童脑干胶质瘤的手段，而治疗儿童脑干胶质瘤的方案，大部分刚完成二期临床试验，或处于二期临床试验中。目前关于该疾病的靶向治疗、自体干细胞移植、免疫治疗等方法一直处于研究当中，随着对儿童脑干胶质瘤分子病理学的深入，寻找放疗增敏剂及各种个体化治疗方案的出现，最终将会提高儿童脑干胶质瘤的预后。