儿童隐睾手术过程中可能会损伤精索血管及输精管，术后会出现睾丸萎缩，可能影响到生育功能。部分儿童隐睾术后可能会因为术中精索相对较短，术后睾丸出现回缩，可能回缩到腹股沟区，出现并发症。

如果手术后发现睾丸回缩到腹股沟区，阴囊没有触及到睾丸存在，需要再次手术治疗。目前隐睾手术可使用微创手术，睾丸萎缩及回缩等发生几率大大减小。隐睾术后要定期复查阴囊彩超，注意睾丸大小和血供，要注意术后睾丸有无萎缩。