多囊肾患者常用的降压药物首选是血管紧张素转换酶抑制剂和血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂，也就是ACEI和ARB类药物，这一类的药物包括卡托普利、雷米普利、缬沙坦、厄贝沙坦、氯沙坦等药物。还可以使用利尿剂、钙离子通道拮抗剂、α和β受体拮抗剂等降压药物控制血压。

对于药物不能控制的高血压病，可考虑使用肾囊肿去顶减压术和肾脏切除术。由于高血压是导致多囊肾患者肾脏功能恶化的危险因素之一，所以应将多囊肾患者的血压尽量控制在目标值范围内，目标值为130/80mmHg。