一般来说儿童脑炎好了以后仍然头痛的原因，主要是由于脑神经细胞的损伤没有完全修复引起的，因为虽然儿童的脑炎已经好转，没有发热、抽搐、呕吐等急性的表现，但是脑神经细胞的修复是需要一个较长的过程，这就会引起儿童长时间头痛。

针对于这种情况可以给儿童应用营养脑神经的药物来进行调理，比如可以给儿童应用脑蛋白水解物，这个药物可以营养脑神经，从而缓解由于脑炎以后引起的长时间头痛，并且安全性是比较好的。