脊髓血管畸形手术的风险较大。因为畸形位于脊髓，脊髓常发生血管畸形位置在于颈髓和腰髓，有时胸髓也会发生。所有脊髓都存在重要功能，同时所有脊髓属于中枢神经系统，不可再生，这两个因素决定脊髓极其危险和重要。

虽然都属于中枢神经系统，但局部属于功能亚区，这些位置的操作较为安全。但是脊髓均为重要功能区，分离动静脉畸形或经过供血动脉栓塞畸形团的过程中，使用不同的胶可能会渗漏到正常脊髓供应血管内部，可能会导致脊髓受损。脊髓受损后较难恢复，需要长期坚持康复治疗，部分患者很难做到完全恢复。