脊索瘤手术后遗症主要有脑脊液漏、脑神经损伤、脑干损伤、脑膜炎以及其他脑功能障碍。

对于手术后遗症的患者需要早期进行积极的处理，脊索瘤预后不是太好，如果不进行任何治疗，平均寿命在半年到2年之间。如果早期通过积极手术联合放疗，可以延长患者的寿命，提高生存率。

但是，目前研究证明，对于手术联合放疗的患者，如果手术切除不彻底，复发率有可能高达100%。如果手术切除彻底，复发率可以有所降低，但是，对于脊索瘤目前最佳的治疗方法，还是以手术加放疗联合为主。