直肠阴道瘘分为先天性和后天性。先天性主要是先天因素导致。后天性直肠阴道瘘，病因复杂，常见于产伤、妇科盆腔手术、直肠癌术后并发直肠吻合口瘘、晚期癌症、感染、放射性损伤、性暴力或性犯罪等人为外伤。具体如下：

1、肛门直肠周围感染脓肿形成后，如果处理不及时或者不当，脓肿可穿透直肠阴道隔，导致瘘形成；

2、硬化剂注射时局部药物浓度过高、剂量过大等，可以引起局部组织感染、坏死而形成瘘；

3、妇科肿瘤手术，如肿瘤与直肠黏膜粘连或侵犯直肠，剥离时可损伤直肠，如处理不当术后也易形成瘘；

4、常见于产科分娩过程中，如会阴保护不当或切开会阴偏离，偏向后纵中位也会导致直肠阴道瘘的形成；

5、直肠阴道贯穿伤可直接造成直肠与阴道间通道，伤后如果未及时发现及处理，极易形成直肠阴道瘘。