肛瘘的治疗首要的方式是手术，肛瘘的复发率之所以有一点点高，是因为绝大多数患者治疗肛瘘的时机都比较晚，肛瘘治疗最重要的就是早期发现、早期诊断、早期手术治疗，初次手术是最关键的，这也是决定了肛瘘的复发率高低的根本。

初诊医师如果能够明确诊断，找准肛瘘的内口，在手术当中及时准确的处理内口，肛瘘的成功率很高。如果第一次手术没找准内口，后期的复发率就会比较高，再次手术，甚至三次、四次手术的几率都会比较大，所以首次手术是最重要的。