肛周脓肿切开引流术后流脓时间的长短，主要根据脓腔大小而定，如果脓腔较小，可能流脓一周左右；如果脓腔比较大或者有多个脓腔同时存在，流脓的时间可能较长，需要两周左右。期间需要注意局部伤口的换药和引流，可以选择油纱条放置于伤口内促进引流，如果脓腔引流通畅，伤口愈合较快。

如果脓腔较大或者位置较深，也可以放置引流管，肛周脓肿单纯的切开引流术可能形成肛瘘，需要进一步进行二次手术，主要选择肛瘘切开挂线术。如果肛周脓肿急性发作期间，最好直接进行肛周脓肿一次性根治手术。