肛瘘必须要开刀，也就是通过外科手术治疗。因为肛瘘是肛管、直肠与肛周皮肤相通的感染性管道，药物治疗仅仅是能够缓解肛瘘急性发作时，表现出来的疼痛、流脓症状，不能达到治愈肛瘘的目的。想要治愈肛瘘，外科手术治疗是唯一的方法。

低位肛瘘，直接进行瘘道切除术，可获得治愈；高位肛瘘和直肠黏膜下瘘，因瘘道走形复杂、穿过肛提肌，行瘘道切开内口挂线术，可获得治愈。肛瘘长时间不治疗或者久治不愈的肛瘘，有一定的癌变倾向，临床上应给予注意。另外，患有严重基础病的病人，比如心衰、呼吸衰竭、肾衰，建议药物保守治疗，控制肛瘘发作的次数。