肛周脓肿是由炎症感染引起来的，一般是革兰氏阴性杆菌感染，所以选择药物以抗生素为主。

抗生素可以选择第2代头孢类，偏于治疗革兰氏阴性杆菌，常用的代表药物是头孢呋辛酯片；氨基糖甙类抗生素，代表药物是庆大霉素；喹诺酮类抗生素，代表药物是诺氟沙星胶囊和左氧氟沙星片等，对于肛周脓肿感染效果都比较好。

同时也要配合中成药活血化瘀的药物，更有利于消肿。中成药的可以选择槐角丸、迈之灵片等。具体用药还需要结合病情严重程度，由面诊医师指导用药。