肛瘘术后最常见的并发症，是肛门功能失调。肛门功能失调，包括肛门狭窄和肛门失禁。肛门失禁往往都是由于肛瘘手术过程中，破坏内、外括约肌过多造成的。肛门失禁大概分为两种类型：一种是暂时的；一种是永久的。

如果手术过程中，只是破坏内括约肌或者部分外括约肌，不会造成永久性肛门失禁，只是暂时性肛门失禁。这种情况通过锻炼肛门功能和术后创面愈合，一般两周之后基本可以恢复到手术之前的水平，不用过于担心。如果破坏过多的肛门外括约肌，有可能造成肛门永久失禁。这种情况即使锻炼肛门功能、即使术后创面生长愈合，对肛门功能还是会有影响。所以，建议一定要到正规医院的肛肠科，由有经验的肛肠科医生实施肛瘘手术。