目前肛周脓肿没有微创手术，在临床上，如果患者诊断为肛周脓肿，一旦诊断明确，就要随即行切开引流术。手术的方式因为患者的肛周脓肿的部位不同，而有所差别。肛周脓肿位置如果比较表浅，在局麻下进行肛周脓肿切开引流术便可，而且要与肛门呈放射状的切口，不需要进行填塞，只需要保留引流通畅便可。

如果患者的肛周脓肿位置比较深，需要在腰麻或者骶管麻醉下进行，而且要在压痛最明显处先用粗针头做穿刺，抽出脓液以后，在该处作一平行于肛缘的弧形切口，而且切口要足够的长，并且要打开脓腔，彻底的进行引流。在临床上许多的医生采取切开引流加上挂线术，这样可以使脓肿完全敞开，引流更通畅，而且避免二次的肛瘘手术造成患者的痛苦。