肛瘘手术伤口有脓液，要分两种情况来：

1、有些肛瘘的术后创口进行缝合，如果创面有脓性渗出，说明引流局部有感染，引流不通畅，需要拆线，进行充分的引流。

2、开放的创口并没有进行缝合，正常的开放创口都会有脓性的渗出，这是正常现象。还有比较少见的肛瘘，手术中内口未完全处理干净，还有瘘管没有处理，这种瘘管里也会有脓性分泌物渗出，要等切口愈合到一定程度，才能充分判断是否有肛瘘复发。