根管治疗后疼痛原因通常包括以下几种：

1、牙髓组织残留：根管系统的解剖结构是非常复杂的，病变、牙石等都会影响开髓以后的根管探查通路，所以部分牙髓组织在治疗的过程当中容易残留，治疗后就可以引起根管疼痛；

2、生物刺激：由于根管清理过程，都是从根管的冠方向根方进行的，因此对于整个根管系统而言，理论上任何操作都会对根管间组织产生压力，从而导致根管内容物或多或少向根尖区挤出，从而引起疼痛；

3、机械刺激：在治疗过程当中，如果操作者对根尖区长度控制不合适，或者是对一些弯曲根管过程操作不当，对于根管的长度改变没有注意等，使器械超出预备范围，对根尖区组织产生刺激，临床上可表现为出血性渗出，患者也会存在根尖区的探痛。在根管充填以后，就容易引起根管周围组织的增生性反应，表现为自发的疼痛或咬合疼痛，引起根尖周的组织炎性变化；

4、化学药物刺激：部分化学药物对根尖区也有刺激，比方冲洗药物，如果压力过大刺激到根尖周组织，也可以引起根管治疗以后疼痛。