经过正规的根管治疗后，大多数不会出现疼痛，如果根管治疗三年后牙又疼，可能是根管治疗不彻底、遗漏根管导致，也可能是牙龈炎、根尖周炎、牙裂等原因导致，应及时进行物理治疗、药物治疗等。

1、根管治疗不彻底：如果进行根管治疗的时候没有治疗彻底，比如存在根管充填欠充或者超充，局部就会存在炎性刺激，慢性炎症就有可能出现急性发作，造成后期牙齿疼痛的现象，这时需要重新进行根管治疗。

2、遗漏根管：因为每颗牙的内部解剖结构存在一定差异，如果有比较隐蔽的根管当时没有发现，而出现了遗漏，可能会由于比较细微，当时没有明显的症状，后期随着病情进展，可能会出现疼痛。建议找出遗漏的根管，重新进行根管治疗。

3、牙龈炎：可能之前进行根管治疗比较彻底，三年后口腔中出现了新的炎症感染，如牙龈组织可能会出现炎性病变，表现为牙龈红肿、疼痛、口臭、出血等。

牙龈炎通常是由于局部的菌斑引起，其他如牙错位拥挤、食物嵌塞、不良修复体、口呼吸等因素均可促进菌斑的积聚，从而引发或加重牙龈炎的表现。建议注意正确的刷牙习惯，还可以遵医嘱使用复方氯己定含漱液、过氧化氢溶液等漱口。

4、根尖周炎：指发生在牙根尖周围组织的炎症性疾病，可能是之前治疗没有彻底，而导致慢性根尖周感染，也可能是近期不注意口腔卫生，龋病、牙髓病加重，牙髓腔内部的细菌感染通过根尖孔向根尖周围的组织扩散，可引起疼痛。可以进行开髓引流、切开排脓等，也可以进行根管治疗。

5、牙裂：如果根管治疗之后没有及时戴牙冠，没有利用烤瓷牙将做完根管治疗后的牙齿保护起来，随着平时的咀嚼习惯对牙齿的磨耗和压力，就会引起牙裂，从而引起明显的疼痛症状，如果是这样，需要仔细检查，有可能需要拔掉牙齿。

除以上情况外，还可能是牙神经外露等情况导致，建议及时到医院口腔科就诊，进行相关检查后明确诊断，积极处理，以免导致疼痛越来越重。